長崎県は津波浸水想定を110,367区画公表しています（データ時点 2017-03-31）。この県の21市区町村のうち15市区町村で、指定緊急避難場所が浸水想定区域の中にあります。避難先そのものが浸かる想定かどうかは、避難のときにどこへ行くかを決める材料になります。
| 市区町村 | 指定緊急避難場所 | うち浸水想定区域内 | 最大の想定浸水深 |
|---|---|---|---|
| 佐世保市 | 270 | 15 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 雲仙市 | 90 | 9 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 長崎市 | 235 | 8 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 平戸市 | 169 | 7 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 西海市 | 75 | 7 | 0.3m以上 ～ 1m未満 |
| 松浦市 | 51 | 6 | 0.3m以上 ～ 1m未満 |
| 対馬市 | 220 | 6 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 壱岐市 | 62 | 6 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 南島原市 | 49 | 6 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 島原市 | 51 | 4 | 0.3m以上 ～ 1m未満 |
| 大村市 | 62 | 4 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 新上五島町 | 115 | 3 | 1m以上 ～ 2m未満 |
| 諫早市 | 171 | 2 | 0.3m以上 ～ 1m未満 |
| 時津町 | 50 | 1 | 0.3m以上 ～ 1m未満 |
| 川棚町 | 9 | 1 | 0.3m以上 ～ 1m未満 |
| 長与町 | 61 | 0 | — |
| 五島市 | 44 | 0 | — |
| 東彼杵町 | 10 | 0 | — |
| 波佐見町 | 26 | 0 | — |
| 小値賀町 | 15 | 0 | — |
| 佐々町 | 7 | 0 | — |
全国版は Kurage 津波浸水想定マップ、地図は 全国地図、他県は 地域一覧。
避難所の件数は国土地理院「指定緊急避難場所データ」（CC BY 4.0）の施設の座標を、長崎県の津波浸水想定に重ねて数えた実測値です。市域の面積に対する割合ではありません。